本院成立于2004年，原名民办高等教育研究所，于2014年7月升格为民办高等教育研究院，是一个校级实体研究机构，一直致力于民办高等教育研究。

本院的主要研究方向有三个：一是民办高等教育基本理论研究，二是民办高等教育政策与法律研究，三是非营利性民办高校办学模式研究。其中，“民办高等教育基本理论研究”旨在为其他研究方向提供理论支撑；“民办高等教育政策与法律研究”旨在为吉林省和国家民办高等教育政策法规建设提出咨询建议。“非营利性民办高校办学模式研究”旨在以系统的理论研究和以校本研究为核心的实证研究，既为我校开展国家教育体制改革“探索非营利性民办学校办学模式”专项改革试点工作的开展提供理论指导，也从理论研究和实践总结两个维度为国内非营利高校办学提供借鉴。

本院正在参与建设的省级科研和协作平台有五个，即：吉林省首批高等教育研究基地（民办高等教育研究基地）、吉林省民办教育研究所、吉林省首批吉林特色新型高校智库（民办高等教育发展战略研究中心）、吉林省人文社科重点研究基地（民办高等教育研究中心）、吉林省高校创新团队（非营利性民办高校办学模式的研究与实践）。

目前，本院已经成为国内民办高等教育研究领域中具有一定影响力和独特优势的研究机构之一。